La UDA apoya la conservación del agua fuera de sus campus mediante el trabajo conjunto con gobiernos locales, empresas públicas, otras universidades y comunidades. Estas alianzas permiten desarrollar acciones para aprovechar mejor el agua, proteger las cuencas hidrográficas y prevenir la contaminación.
A través del proyecto SWACH, la UDA trabaja con el Municipio de Cuenca, ETAPA EP y los habitantes de los barrios Casa Para Todos, Villanueva y La Prensa, promoviendo alternativas para reducir el consumo de agua potable en los hogares. Un ejemplo concreto es el sistema de captación y aprovechamiento de agua lluvia implementado en 2025 en la casa comunal de Casa Para Todos. El sistema recoge, filtra y almacena el agua para utilizarla en el huerto comunitario y los sanitarios. La universidad contribuyó con recursos económicos, diseños y planificación, apoyando una solución práctica construida junto con la comunidad y ETAPA EP.
Asimismo, la UDA forma parte del Comité de Conservación de la Cuenca del Río Yanuncay, junto con ETAPA EP, ELECAUSTRO, los gobiernos parroquiales de Baños, San Joaquín y Chaucha, y otras instituciones. En 2025 participó en la suscripción del convenio de cooperación para ejecutar el plan operativo del Comité. Este plan asigna a la universidad responsabilidades como la administración de la Secretaría Técnica y la elaboración de una línea base ambiental de la cuenca, aportes orientados a fortalecer la coordinación y la información disponible para su conservación.
Por su parte, mediante NATURESS, la UDA colabora con la Universidad de Cuenca y la Universidad de Gante en el desarrollo de alternativas de saneamiento sostenible para Chicty, en Guachapala, y Victoria del Portete, en Cuenca. El trabajo comprende la evaluación de necesidades comunitarias, la capacitación y el desarrollo de soluciones basadas en la naturaleza, como humedales construidos y vermifiltros. Estas acciones buscan mejorar el tratamiento de las aguas residuales y prevenir la contaminación de las fuentes de agua, con participación de los habitantes en la gestión de las soluciones propuestas.